Et par år senere støttede Begin opførelsen af israelske bosættelser i de israelsk-besatte områder. Begins tog initiativ til Israels invasion af Libanon 1982 til bekæmpelse af PLO-kontrollerede områder. Efterhånden som israelske militære engagement i Libanon intensiveredes, og Sabra- og Shatila-massakren, der udførtes af de kristne falangister chokerede verdensoffentligheden, blev Begin isoleret.[1] Da de israelske styrker forblev i Libanon, og økonomien ramtes af hyperinflation, steg offentlighedens pres på Begin.
Nedtrykt over tabet ved hans kone Alizas død, november 1982, trak han sig gradvist tilbage fra det offentlige liv, indtil hans tilbagetræden i september 1983.