Klubben blev grundlagt i 1919 og spillede på højeste niveau i perioden 1938-47, hvor klubben blev diskvalificeret for at have manipuleret med resultaterne.[1] Klubben spillede herefter sporadisk i de bedste tjekkoslovakiske og tjekkiske ligaer. Efter oprykning til den bedste liga i 2002 har klubben ligget i den bedste tjekkiske liga, Liga 1.
Klubben opnåede i maj 2017 sin første store trofæ, da klubben vandt den tjekkiske ligacup. Da Manchester United FC samtidig vandt Europa League og da Slavia Prag vandt den tjekkiske liga, kvalificerede Zlin sig automatisk til gruppespillet i 2017-18 Europa League. Det er klubbens første optræden i en europæisk turnering, bortset fra TOTO-cuppen.[2]
^Jeřábek, Luboš (2007). Český a československý fotbal – lexikon osobností a klubů (tjekkisk). Prague, Czech Republic: Grada Publishing. s. 225. ISBN978-80-247-1656-5.