Den 3. oktober2008 blev ligaen ramt af tragedie i en kam mellem Avangard Omsk og Vitjaz Tjekhov. I tredje periode stødte forwarden Aleksej Tjerepanov sammen med holdkammeraten Jaromír Jágr og mistede bevidstheden. Tjerepanov blev hastet til hospitalet, men hans liv kunne ikke reddes. Dødsårsagen blev fastsat til et hjerteanfald.
Holdene blev inddelt i fire divisioner med seks hold i hver. Divisionerne var blevet dannet ved lodtrækning, således at de var omtrent lige stærke. Inden lodtrækningen var de 24 hold blevet inddelt i seks seedningslag ud fra holdenes resultater i de seneste fem sæsoner, og divisionerne kom til at bestå af et hold fra hvert seedningslag. I løbet af sæsonen indså man imidlertid, at rejseudgifterne ved denne type divisionsinddeling blev for høje, hvorfor ligaen allerede den følgende sæson gik over til geografisk inddelte divisioner.
Holdene opererede med et lønloft på 562,5 millioner rubler.[3]
K: Spillede kampe, V3: Kampe vundet i ordinær spilletid (3 point), V2: Kampe vundet efter overtid/straffeslag (2 point), T1: Kampe tabt efter overtid/straffeslag (1 point), T0: Kampe tabt i ordinær spilletid (0 point), Mf: Mål for, Mi: Mål imod, +/-: Måldifference, P: Point
K: Spillede kampe, V3: Kampe vundet i ordinær spilletid (3 point), V2: Kampe vundet efter overtid/straffeslag (2 point), T1: Kampe tabt efter overtid/straffeslag (1 point), T0: Kampe tabt i ordinær spilletid (0 point), Mf: Mål for, Mi: Mål imod, +/-: Måldifference, P: Point
K: Spillede kampe, V3: Kampe vundet i ordinær spilletid (3 point), V2: Kampe vundet efter overtid/straffeslag (2 point), T1: Kampe tabt efter overtid/straffeslag (1 point), T0: Kampe tabt i ordinær spilletid (0 point), Mf: Mål for, Mi: Mål imod, +/-: Måldifference, P: Point
K: Spillede kampe, V3: Kampe vundet i ordinær spilletid (3 point), V2: Kampe vundet efter overtid/straffeslag (2 point), T1: Kampe tabt efter overtid/straffeslag (1 point), T0: Kampe tabt i ordinær spilletid (0 point), Mf: Mål for, Mi: Mål imod, +/-: Måldifference, P: Point
De 12 bedste af de øvrige hold på tværs af de fire divisioner.
Holdene blev seedet fra nr. 1 til 16. De fire divisionsvindere blev seedet som nr. 1-4, mens de øvrige 12 hold blev seedet som nr. 5-16 i henhold til det opnåede pointantal i grundspillet. I hver runde spillede det højst seedede tilbageværende hold mod det laveste seedede hold, osv. I de to første runder blev opgørene afviklet bedst af fem kampe, hvor det højst seedede hold havde hjemmebane i kamp 1, 2 og 5. Semifinalerne og finalen blev spillet bedst af syv kampe, hvor det højst seedede hold havde hjemmebane i kamp 1, 2, 5 og 7.
Den 10. januar2009 spilledes KHL's første all star-kamp mellem "Team Jasjin", et hold med udelukkende russiske spillere, og "Team Jágr", der bestod af ligaens bedste udenlandske spillere. Kampen blev afviklet på Den Røde Plads i Moskva og blev vundet af "Team Jágr" med 7−6.