Kivusøen ligger i den fordybning der kaldes Den Østafrikanske Rift og er en af "dødens søer" i Afrika sammen med
Nyossøen og Monounsøen. Tilnavnet har den fået, da den opløst i de nedre vandlag indeholder de giftige gasser metan og kuldioxid. Mængden af metan skønnes til at være 65 km³ og af kuldioxid 300 km³. Kuldioxiden er primært af vulkansk oprindelse og metangassen stammer mikrobiel omdannelse af kuldioxid og fra forrådnelse af døde planter og plankton. Desuden indeholder søen mindre mængder af giftig svovlbrinte. I tilfælde af et jordskælv vil frigjorte gasser fra søen udgøre en potentiel fare for kvælning og forgiftning af de omkringboende 2 mill mennesker ("drukning" i kuldioxid på grund af kuldioxidens højere densitet end atmosfæren).