Krebeck er beliggende omkring 13 Kilometer øst for Göttingen og 11 kilometer nordvest for Duderstadt ved udkanten af det frugtbare område Goldene Mark. I den vestlige del af kommunen ligger den skovklædte højde Westerberg (275 moh.). Bækken Ellerbeck (der er et tilløb til Suhle → Hahle → Rhume → Leine) løber gennem byen.
Landsbyen Renshausen, der er en del af kommunen, er beliggende 2 km nordvest for Krebeck. Nabokommuner er Ebergötzen mod sydvest, Bodensee mod nord og Wollbrandshausen mod øst.
Mittelpunktsten i Krebeck
I Krebeck ligger ét (af flere, alt efter beregningsmetode) geodætiskmidtpunkt i Tyskland.