Efter afslutningen af sin karriere fungerede han i nogle år som fodboldtræner, inden han fungerede som manager for sin datter, Kim Clijsters, i hendes karriere som professionel tennisspiller. Da hun i 2006 indstillede karrieren, genoptog Lei Clijsters fodboldtrænerkarrieren, men han måtte indstille den i begyndelsen af 2008, da det blev klart, at han var alvorligt syg af et malignt melanom, der et år senere kostede ham livet.
