SECIS-element

Fra Wikipedia, den frie encyklopædi
Spring til navigation Spring til søgning
SECIS-elementet er cis-regulerende med en gennemsnitlig længde på 64,2 nukleotider.

I biologi er et SECIS-element (SECIS: selenocystein indsætningssekvens) et cis-regulerende RNA-element på omkring 60 nukleotider i længde, der former en stem-loop-struktur.[1] Dette strukturelle motiv (mønster af nukleotider) dirigerer ribosomerne i cellen til at translatere UGA-codons som selenocysteiner. (UGA er normalt et stop-codon.) SECIS-elementer er således et fundamentalt aspekt af selenoproteiner, som er proteiner, der indeholder en eller flere selenocysteinrester.

I bakterier er SECIS-elementet placeret lige efter det UGA-codon det ændrer. I archaea og eukaryoter forekommer det i 3'-UTR af et mRNA og kan forårsage at flere UGA-codons i mRNA'et koder for selenocystein. Et archaeask SECIS-element i Methanococcus er placeret i 5'-UTR.

SECIS-elementet er defineret ved sekvenskarakteristika, hvilket omfatter at specifikke nukleotider har tendens til at være på specifikke positioner i det, og karakteristisk sekundærstruktur. Sekundærstrukturen er et resultat af baseparring af komplementære RNA-nukleotider og har form af en hårnålelignende struktur. Det eukaryote SECIS-element inkluderer ikke-kanoniske A-G-basepar, som er sjældne i naturen, men er af kritisk vigtighed for korrekt funktion af SECIS-elementet. Selvom eukaryote, archaeiske og bakterielle SECIS-element alle har den generelle hårnålestruktur er de ikke ensdannede; et skema til at genkende eukaryote SECIS-elementer vil altså ikke være i stand til at genkende archaeiske SECIS-elementer.

I bioinformatik er flere computerprogrammer blevet lavet til at søge efter SECIS-elementer i en genomsekvens baseret på sekvensen og karakteristikaene for sekundærstrukturen af SECIS-elementet. Disse programmer er blevet brugt i eftersøgningen af nye selenoproteiner.[2]

Referencer[redigér | redigér wikikode]

  1. ^ Walczak, R; Westhof E, Carbon P, Krol A (1996). "A novel RNA structural motif in the selenocysteine insertion element of eukaryotic selenoprotein mRNAs". RNA. 2: 367-379. PMID 8634917. 
  2. ^ Lambert, A; Lescure A, Gautheret D (2002). "A survey of metazoan selenocysteine insertion sequences". Biochimie. 84: 953-959. PMID 12458087. 
  • G. V. Kryukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó, and V. N. Gladyshev (2003). "Characterization of mammalian selenoproteomes". Science. 300 (5624): 1439-1443. doi:10.1126/science.1083516. 
  • Gregory V. Kryukov and Vadim N. Gladyshev (2004). "The prokaryotic selenoproteome". EMBO Rep. 5 (5): 538-543. 
  • Alain Krol (2002). "Evolutionarily different RNA motifs and RNA-protein complexes to achieve selenoprotein synthesis". Biochimie. 84 (8): 765-774.