Bånddiagram: Forskelle mellem versioner
Content deleted Content added
Oprettede eller redigerede 1 arkivlinks ud af 1 analyserede links, se hjælp) #IABot (v2.0.8 |
MGA73bot (diskussion | bidrag) m Retter navne og værdier for url-status til standard samt accessdate etc. til at bruge bindestreg |
||
Linje 1: | Linje 1: | ||
[[Billede:GLO1 Homo sapiens small fast.gif|thumb|Humant [[glyoxalase I]] vist som bånddiagram. En oversigt over de forskellige motiver benyttet i bånddiagrammer er vist i skemaet herunder.]] |
[[Billede:GLO1 Homo sapiens small fast.gif|thumb|Humant [[glyoxalase I]] vist som bånddiagram. En oversigt over de forskellige motiver benyttet i bånddiagrammer er vist i skemaet herunder.]] |
||
Et '''bånddiagram''' (også kendt som Richardson-diagram eller [[engelsk (sprog)|engelsk]] ''ribbon diagram'') er en [[tredimensionelt rum|3D]]-skematisk repræsentation af [[proteinstruktur]] og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. [[alfahelix|α-helicer]] vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, [[betastreng|β-strenge]] som flade pile og tråde for [[turn]]s og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.<ref>{{Cite web |url=http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html |title=Thomas J. Smith<!-- Bot generated title --> |access-date=12. august 2008 |archive-date=28. marts 2002 |archive-url=https://web.archive.org/web/20020328153147/http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html |url-status= |
Et '''bånddiagram''' (også kendt som Richardson-diagram eller [[engelsk (sprog)|engelsk]] ''ribbon diagram'') er en [[tredimensionelt rum|3D]]-skematisk repræsentation af [[proteinstruktur]] og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. [[alfahelix|α-helicer]] vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, [[betastreng|β-strenge]] som flade pile og tråde for [[turn]]s og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.<ref>{{Cite web |url=http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html |title=Thomas J. Smith<!-- Bot generated title --> |access-date=12. august 2008 |archive-date=28. marts 2002 |archive-url=https://web.archive.org/web/20020328153147/http://www.danforthcenter.org/smith/molview/over/overview.html |url-status=dead }}</ref> |
||
Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer. |
Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer. |
Nuværende version fra 27. dec. 2021, 20:38
Et bånddiagram (også kendt som Richardson-diagram eller engelsk ribbon diagram) er en 3D-skematisk repræsentation af proteinstruktur og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. α-helicer vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, β-strenge som flade pile og tråde for turns og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.[1]
Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer.
Motiver i bånddiagrammer[redigér | rediger kildetekst]
Sekundær struktur | ||
---|---|---|
α-Helicer | Cylindriske spiralbånd | |
β-Strenge | Pile med tykkelse på omkring en fjerdel af deres vidde, der viser retning og twist for fladen fra amino- til carboxyenden | |
Loops og diverse | ||
Ikke-gentagne loops | Runde reb der er tykkere i forgrunden og tyndere bagmod. | |
Junctions mellem loops og helicer | Runde reb der gradvist flader ud til et tyndt helisk bånd. | |
Andre motiver | ||
Polypeptidretning,
NH2- og COOH-terminaler |
Små pile i én eller begge ender eller ved hjælp af bogstaver. For β-plader er pilens retning nok. I dag angives retningen af polypeptidkæden ofte indikeret af en farverampe. | |
Disulfidbindinger | Sammenlænket SS-symbol eller et zigzag, som et lynsymbol | |
Prostetiske grupper eller inhibitorer | Molekylemodeller. | |
Metalioner | Kugler. | |
Skygge og farver | Skygge eller farver tilføjer dimensionalitet til diagrammet. Generelt er motiverne i forgrunden mørkest, mens det bliver lysere og mindre kontrast bagtil. |
Referencer[redigér | rediger kildetekst]
- ^ "Thomas J. Smith". Arkiveret fra originalen 28. marts 2002. Hentet 12. august 2008.