Amager Hospital har afdelinger indenfor anæstesiologi, kun dele af døgnet og er en udefunktion under Hvidovre Hospital, klinisk biokemi, intern medicin, ortopædkirurgi, kun planlagte operationer i kontortid, radiologi, urologi, kun ambulante kontroller samt skadestue, som udmærker sig ved fastansatte speciallæger. Der er desuden en psykiatrisk afdeling, der drives af Region Hovedstadens Psykiatri.