Bånddiagram

Fra Wikipedia, den frie encyklopædi
Gå til: navigation, søg
Humant glyoxalase I vist som bånddiagram. En oversigt over de forskellige motiver benyttet i bånddiagrammer er vist i skemaet herunder.

Et bånddiagram (også kendt som Richardson-diagram eller engelsk ribbon diagram) er en 3D-skematisk repræsentation af proteinstruktur og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. α-helicer vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, β-strenge som flade pile og tråde for turns og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.[1]

Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer.

Motiver i bånddiagrammer[redigér | redigér wikikode]

Sekundær struktur
α-Helicer Cylindriske spiralbånd
β-Strenge Pile med tykkelse på omkring en fjerdel af deres vidde, der viser retning og twist for fladen fra amino- til carboxyenden
Loops og diverse
Ikke-gentagne loops Runde reb der er tykkere i forgrunden og tyndere bagmod.
Junctions mellem loops og helicer Runde reb der gradvist flader ud til et tyndt helisk bånd.
Andre motiver
Polypeptidretning,

NH2- og COOH-terminaler

Små pile i én eller begge ender eller ved hjælp af bogstaver. For β-plader er pilens retning nok. I dag angives retningen af polypeptidkæden ofte indikeret af en farverampe.
Disulfidbindinger Sammenlænket SS-symbol eller et zigzag, som et lynsymbol
Prostetiske grupper eller inhibitorer Molekylemodeller.
Metalioner Kugler.
Skygge og farver Skygge eller farver tilføjer dimensionalitet til diagrammet. Generelt er motiverne i forgrunden mørkest, mens det bliver lysere og mindre kontrast bagtil.

Referencer[redigér | redigér wikikode]