Se kilde til DNA-sekventering

'''DNA-sekvensering''' eller den mere benyttede form '''DNA-sekventering''' er aflæsning af den [[genetik|genetiske]] kode i et bestemt stykke [[DNA]]. Med dette menes, at basernes '''sekvens'''
eller rækkefølge bestemmes. Nogle gange aflæser [[forsker]]e blot en enkelt del af et bestemt [[gen]], andre gange aflæser de hele [[organisme]]ns [[DNA]], hele [[genom]]et. Det første bakteriegenom blev aflæst i [[1955]], det første virusgenom i [[1976]] og det første menneskegenom efter 10 års arbejde i [[2001]].<ref>[https://www.nature.com/articles/d42859-020-00103-7 Sequencing — the next generation. Nature portfolio 2021]</ref>

Tilsvarende tales om bestemmelsen af sekvensen af baserne i [[RNA]] som RNA-sekventering og af [[aminosyre]]rne i [[proteiner]] som aminosyre-sekventering.

== Sekventering af udvalgte DNA-sekvenser ==
=== Dideoxysekventering ===
Den tidligste metode til DNA-sekventering kaldes også Sanger-sekventering efter opfinderen, den dobbelte nobelprismodtager [[Frederick Sanger]]. Metoden anvender [[dideoxynukleotidtrifosfat]]er (forkortes ddNTP) til at bestemme sekvenser med en længde på op til ca. 1000 [[basepar]] (1000 bp). I forhold til [[deoxyribose]], [[pentosen]] i DNA, mangler dideoxyribose en ekstra [[hydroxygruppe]] og har to færre hydroxygrupper end [[ribose]]. Uden frie hydroxygrupper kan dideoxyribosen ikke indgå i [[kondensationsreaktion]]er med [[fosfat]] ved det tredje [[carbon]]atom. Det betyder i praksis at syntesen af en ny DNA-streng stopper, så snart der bindes et ddNTP til den nydannede DNA-streng. [[Fil:Dideoxyadenosine_triphosphate.svg|thumb|350px|Eksempel på et dideoxynukleotid: dideoxyadenosintrifosfat (ddATP) med DNA-basen adenin som en af bestanddelene. Bemærk fraværet af hydroxygrupper (-OH) på pentosen.]]

Proceduren kan opdeles i tre trin: 
# [[PCR]] for at opformere det stykke DNA man vil sekventere. 
# Endnu en PCR men med ddNTP tilsat.
# [[Elektroforese|Gelelektroforese]]

Det unikke ved metoden er trin 2. Der benyttes de samme ingredienser som ved en normal PCR: [[primer]]s, en varmetolerant [[DNA polymerase]] og frie [[deoxynukleotidtrifosfater]] (dNTP). De anvendte primers binder til det undersøgte DNA og tjener som startpunkt for [[enzym]]et DNA polymerase, der syntetiserer en ny DNA-streng vha. de frie nukleotider. Ved en dideoxysekventering tilsætter man herudover en lille andel ddNTP. Resultatet af opformeringen er, at man får DNA-sekvenser af alle mulige baselængder, alt efter hvornår DNA polymerasen har anvendt et ddNTP i stedet for et dNTP og dermed stoppet den fortsatte syntese. 

Man anvender fire forskellige slags ddNTP, en for hver af de fire DNA-baser [[adenin]] (A), [[guanin]] (G), [[cytosin]] (C) og [[thymin]] (T). For at kunne skelne mellem dem, er de også bundet til hver deres fluorescerende farvestof. Når man kører gelelektroforesen, får man adskilt de nydannede DNA-strenge efter størrelse. Man kan så aflæse det sidst bundne nukleotid på hvert fragment (dideoxynukleotidet) og herfra bestemme rækkefølgen af den fulde sekvens, idet man opskriver baserækkefølgen for ddNTP på det længste fragment hen til ddNTP på det korteste. Førhen foregik bestemmelsen manuelt, men i dag kan særlige sekventeringsmaskiner udføre opgaven.<ref>B. Reese, Jane m.fl.: ''Campbell Biology, Ninth Edition'', 2011, Pearson Education, s. 453-455</ref><ref>Cæsar Torp, Kresten: ''Biokemibogen'', 2010, Forlaget Nucleus, s. 47-50</ref>

== Totalsekvensering ==

Siden bestemmelsen af det første [[genom]] med 3.569 basepar i 1976 er der sket en forbløffende teknologisk udvikling i bestemmelse af DNA-sekvenser, så man nu kan bestemme et komplet genom på milliarder af baser på få timer,<ref>{{Cite web |url=http://videnskab.dk/blog/nye-sekventeringsmetoder-aendrer-studiet-af-evolution |title=Nye sekventeringsmetoder ændrer studiet af evolution. Videnskab.dk |access-date= 1. november 2012 |archive-date=14. juli 2014 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140714195701/http://videnskab.dk/blog/nye-sekventeringsmetoder-aendrer-studiet-af-evolution |url-status=dead }}</ref><ref>[http://videnskab.dk/miljo-naturvidenskab/oldgammelt-heste-dna-giver-ny-viden-om-evolution Oldgammelt heste-DNA giver ny viden om evolution. Videnskab.dk]</ref>

I dag er totalsekventering også et nyttigt arbejdsredskab for mikrobiologer, specielt i forbindelse med afsløringen af [[antibiotikaresistens|resistente bakterier]]. Det er nu muligt at få hele DNA-sekvensen for en bakterie i løbet ganske kort tid, se hvilke [[antibiotikaresistens|resistens-gener]] der er i bakteriens [[genom]] og dermed få fastlagt forekomsten eller udbredelsen af en resistent bakterie og mulighederne for en effektiv behandling af en infektion med [[antibiotika]]. Hel-genomsekventering gør det også muligt at spore de resistente bakteriers udveksling mellem mennesker og dyr.<ref>[http://videnskab.dk/krop-sundhed/bakterier-skal-bekaempes-med-internettet Totalsekventering har vist sit værd. Videnskab.dk, november 2011]</ref><ref>[http://videnskab.dk/miljo-naturvidenskab/mrsa-forskere-er-pa-sporet-af-antibiotikaresistens MRSA: Forskere er på sporet af antibiotikaresistens. Videnskab.dk 2013]</ref>

== Se også ==

* [[Allel]]
* [[Genbank]]
* [[Genetik]], [[Genom]], [[Genteknologi]], [[Genetisk modificeret organisme]], [[Genterapi]]
* [[Ikke-kodende-DNA]], [[Junk-DNA]]
* [[Konsensussekvens]]
* [[Molekylær evolution]]
* [[Nordisk Genbank]]
* [[Restriktionsenzym]]
* [[Shine-Dalgarno-sekvensen]]

== Eksterne henvisninger ==
{{reflist}}



[[Kategori:Bioteknologi]]
[[Kategori:Genetik]]
[[Kategori:Molekylærbiologi]]
[[Kategori:DNA|Sekventering]]