Bad Zwischenahn ligger i den sydøstlige del af Landkreises Ammerland. Mod nordøst grænser den til Wiefelstede, mod syd til Edewecht, mod nordvest til landkreisens administrationsby Westerstede og mod sydøst til Oldenburg. Bad Zwischenahn ligger i området Nordoldenburgisch-Ostfriesischen Geest. Der er fuglige lavninger der ofte er oversvømmet og sandede bakker, med landbrug.
Syd for Ammerländer Geest ligger Leda-Jümme-lavningen. Disse dale består hovedsageligt af moser. Til kommunen Bad Zwischenahn hører de store moser Ekener Moor, Speckener Moor og Kayhauser Moor samt nordlige udløbere af Vehnemoor. Baseret på moserne er der i Bad Zwischenahn kurbade, og kommunen har indtæger ved udvinding af tørv.
Chronik der Gemeinde Bad Zwischenahn, (1994 Buchhandlung Grüttefien, Bad Zwischenahn)
Ingo Harms: „Wat mööt wi hier smachten …“ Hungertod und „Euthanasie“ in der Heil- und Pflegeanstalt Wehnen im „Dritten Reich“. Oldenburg 1996²; ISBN3-925713-25-5