Dersekow er beliggende 8,5 kilometer sydvest for Greifswald og 19 kilometer sydøst for Grimmen. Gennem kommunen, fra øst mod vest, løber floden Schwinge mod Peene; parallelt dermed ligger åsenSassen-Dersekow-Dargelin som er en beskyttet Geotop (Nr. G2_293). Mod nordøst afgrænser skovområdet Helmshagen-Subzow kommunens område.