1. januar 2012 skulle han efter planen have været ansat som assistenttræner i Brøndby IF. Men efter dårlige resultater i efteråret 2011 blev Henrik Jensen fyret d. 24. oktober 2011, og Auri Skarbalius blev med øjeblikkelig virkning ansat som cheftræner – i første omgang indtil 31. december 2011.[1]
I sæsonen 2012-2013 formåede han at holde Brøndby IF oppe i Superligaen, og endte på en 9. plads. I juni 2013 fik klubben en ny ledelse, og denne valgte at ophøre samarbejdet med Skarbalius med øjeblikkelig virkning.[2]
Den 10. september 2013 blev han udnævnt til ny cheftræner i sjællandsserieklubben Haslev FC for efterårssæsonen 2013,[3] og efter endt ophold i Haslev, blev Skarbalius i februar 2014 præsenteret som træner for superligaklubben Viborg FF.[4]
Auri sikrede 1 pladsen og oprykning til superligaen med Viborg FF, men fik alligevel ikke sin kontrakt forlænget. Den 6. juli 2015 blev det offentliggjort at han fra den 10. august 2015 skal være Brøndby's nye U19 træner.
I marts 2016 blev han igen træner for Brøndbys hold i Superligaen, efter at Thomas Frank havde opsagt sin stilling.