Wikipedia:Evaluering/Enzym

Fra Wikipedia, den frie encyklopædi
Spring til navigation Spring til søgning

Enzym[redigér wikikode]

Jeg har oversat artiklen efter den engelske FA og vil nu gerne vide, hvad de danske wikipediabrugere synes den mangler for GA/FA. --CarinaT 4. aug 2008, 17:28 (CEST)

  1. Jeg kunne godt tænke mig at der stod lidt om de største producenter af enzymer. Især når DK nu er så stærkt repræsenteret med Novozymes og Danisco.
  2. På min computer ser tabellen under industriel anvendelse lidt mærkelig ud. De lodrette streger hænger ikke helt sammen.
  3. Det er en ret kompleks model der vises som det allerførste billede. Kunne man ikke finde et mindre kompleks model? Billedet ser mere ud som om det illustrerer en enzymreaktion end et enzym. Det tog fx mig et stykke tid at gennemskue hvor enzymet egentligt var henne. Billedet nedenfor til højre (som godt nok er et coenzym og derfor nok ikke kan bruges) synes jeg fx illustrerer et enzym bedre:
    coenzym
  4. Hedder det virkeligt "aktivt site" på dansk?
  5. Jeg synes det er lidt ulogisk, at der først forklares om "lås og nøgle" modellen hvorefter man får at vide at den er afvist. Derefter kommer den gældende teori om enzymers aktivitet i et nyt afsnit. For mig ville det være mere logisk at have et afsnit der hed "Model for enzymers aktivitet" eller noget lignende og heri blev det beskrevet at den gældende model er udviklet fra "lås og nøgle"-modellen.
  6. Jeg tror afsnittet "Aktivitetskontrol" passer bedre før afsnittet "Cofaktorer og coenzymer" så man ved hvordan det fungerer inden biprodukter kommer på banen. Jeg er dog ikke sikker, da jeg stort set ikke ved noget om enzymer, så det er muligt at det er logisk i den rækkefølge det er i nu.
Santac 4. aug 2008, 19:41 (CEST)
Det må jeg sige: en virkelig god evaluering hurtigt.
  1. Godt forslag, nu har jeg ikke lige undersøgt hvor stor en procentdel af enzymproduktionen danske producenter står for, men det er i hvert fald meget og der skal da selvfølgelig være et afsnit.
  2. Tabellen ser mærkelig ud i IE, men fin i FF, hvilket jo ikke er godt nok. Jeg har bare ikke selv et forslag til, hvordan det skal udbedres.
  3. Jeg synes faktisk den første model er ret ideel. Det vil måske hjælpe når de røde links bliver oprettet? Et coenzym er på ingen måder et enzym, så det kan ikke bruges, nej, og et enzym er et meget komplekst molekyle, så jeg tror ikke det kan gøres ret meget mere simpelt. Man kunne selvfølgelig tage et enzym uden cofaktor og inhibitor, men den figur, der er vist, er bare god. Jeg har fået et forslag andetsteds fra om at bruge et par linjer billedtekst mere på at forklare figuren, hvilket jeg måske tror er den bedste løsning.
    Jeg har lavet billedteksten lidt om nu, er det bedre?
  4. Ja, det hedder det virkeligt. Hvis man søger "aktivt site" på google er de første tre resultater om enzymers aktive sites på sider tilknyttet universiteter.
  5. Jeg tror "lås og nøgle"-afsnittet kommer først fordi det er mest simpelt og mest alment kendt, men det er nok også lidt misvisende. Vil kigge på det.
  6. Afsnittet Aktivitetskontrol er nok det mest komplicerede, og jeg tror ikke det er en god idé at rykke det op. Det skal nok mere ses som et sammendrag.
CarinaT 4. aug 2008, 20:48 (CEST)
Jeg sprang over ret meget af teksten, da jeg ikke forstod det - det hjælper på hastigheden af evalueringer :-).
Forresten; imponerende god oversættelse!
ad 3) Ja, det er bedre, men jeg synes ikke det er helt godt. Jeg tror at billedet er rigtig godt hvis man ved noget om enzymer og er vant til at se den slags diagrammer. Jeg synes det ser ud som om billedet indeholder mere information end hvad der er nødvendigt for at svare på spørgsmålet "hvordan ser et enzym ud?" Pilene forvirrer mig og det forvirrer mig at det drejer rundt så man ikke kan fokusere på et område for at se hvad det forestiller. Tilsyneladende er der også en "enzymhibitor" illustreret med en "space-filling model" placeret på nogle "sites". Tre begreber der ikke forklares i indledningen.
Artiklen omhandler et ret komplekst emne og jeg synes billedet er unødigt forvirrende for folk der ikke ved noget om enzymer. Det kan risikere at skræmme nogen væk. Jeg er faktisk gladere for de:wikis billede, hvor det ser ud som om det kun er et enzym der er afbilledet.
Hedder det forresten ikke en molekylemodel og ikke en space-filling model på dansk?
ad 5) Jeg synes også det er helt ok hvis "lås og nøgle"-teorien kommer først i afsnittet, så længe det er klart når man læser om det, at det er en tidlig teori, der er videreudviklet til noget mere raffineret. Jeg synes det er unødvendigt at overraske læseren med, at det de sidder og læser om, viser sig at være noget helt andet end de troede.
ad 6) Fair nok, jeg læste det bare som om det var et grundliggende afsnit, der var nødvendig for forståelsen af de tidligere afsnit.
Santac 4. aug 2008, 23:05 (CEST)
Jeg takker :)
ad 3) Nu har jeg ændret billedet, så der ikke er andre faktorer end selve enzymet. Desuden er det nu et enzym, der formentligt er lidt nemmere at forholde sig til, eftersom det er relativt nemt at forklare, hvad det gør. Der er stadig pile, men det er altså den måde proteiner ofte bliver fremstillet på - et bånddiagram, der viser forskellige ofte forekomne motiver kaldet beta-plader (som er pilene) og alfahelicer (som er spiralerne), det der ligner strenge imellem helicerne og pladerne kaldes "turns", men det bliver forklaret i artiklen bånddiagram. Og til det med molekylemodellen tror jeg svaret er ja.
ad 5) Jeg har indledt afsnittet med en kort bemærkning, som jeg selv synes fungerer bedre, og så ændret strukturen af overskriften. Hvordan ser det ud?
CarinaT 5. aug 2008, 10:43 (CEST)
ad 3) Det ser meget bedre ud.
ad 5) Det ser også meget bedre ud.
--Santac 5. aug 2008, 12:14 (CEST)
ad 1) Nu har jeg tilføjet lidt om producenterne og hvornår det startede. Var det, det du havde tænkt dig, eller mangler der mere?
Det ser fint ud. --Santac 5. sep 2008, 09:53 (CEST)

Jeg har tilladt mig at flytte det følgende afsnit herind, da jeg synes der er bedre styr på det hele så. --CarinaT 5. aug 2008, 22:36 (CEST)

  • Inspireret af et spørgsmål på engelsk wiki, kunne jeg godt tænke mig at der stod hvor store enzymer er. Der står godt nok at de er fra 62 aminosyrerester store, men for de fleste giver dette ingen mening og det er svært at sammenligne med noget. --Santac 5. aug 2008, 17:01 (CEST)
    • Mht. størrelsen er det langt mest normalt at angive i antal aminosyrer eller vægt i kDa (de to kan nogenlunde omregnes til hinanden) - størrelse i rumfangs- eller længdeenheder er noget sværere at håndtere, idet man skal tage hensyn til formen og foldningen. Jeg er desuden af den opfattelse, at det ikke altid er nemt at bestemme størrelsen, da man ikke altid kan oprense og krystallisere enzymerne. Men efter at have søgt lidt rundt vil jeg sige svaret er omkring under et halvt hundrede til godt et par hundrede Å på hver led. --CarinaT 5. aug 2008, 22:36 (CEST)
      • Hvis det er mest normalt at angive i aminosyrer skal dette selvfølgelig stå der, jeg synes dog også det vil være fint at skrive noget om vægten og størrelsen i mere "normale" enheder der på en eller anden måde indgår i SI-systemet, hvis man fx ønsker at sammenligne størrelsen af enzymer med bakterier eller noget andet. Efter at jeg nu kender størrelsen i Å og kDa, er dette nu muligt. --Santac 6. aug 2008, 10:37 (CEST)
        • Jeg har forsøgt at skrive om størrelsesangivelsen samt omregnet antal aminosyrerester til kDa. Jeg vil prøve at lede efter en brugbar kilde til størrelsen i Å. --CarinaT 6. aug 2008, 18:02 (CEST)
          • Ville det være okay, hvis størrelsen i Å kom i en lille ref, der beskriver, hvordan det omregnes sådan cirka? --CarinaT 3. sep 2008, 08:55 (CEST)
            • Som det står nu med kDa er det bedre, men jeg er stadig usikker på hvor meget det er. Dalton-artiklen skriver heller ikke noget om det. Kun at det omtrent er lig hydrogenatomets masse. Også efter at have kigget på den engelske side er jeg usikker på hvor meget en dalton er i SI-enheder. Jeg synes derfor det ville være en god ide at angive størrelsen i Å i enzymartiklen. --Santac 5. sep 2008, 09:53 (CEST)
              • Så fik jeg skrevet det i Ångstrøm også - 138 Å3 pr. aminosyrerest. --CarinaT 24. sep 2008, 17:08 (CEST)

Følgende samtale er kopiret fra Santacs diskussionsside, da det er gavnligt her.

Ja undskyld jeg forstyrrer igen - det er jo ikke ligefrem fordi du har meldt dig til evig evaluering af denne artikel - men tænkte bare om du lige vil kaste et kig på angivelsen i Ångstrøm nu. Jeg synes selv det er lidt for udpenslet, men det kan godt være, at det er det, der skal til for at det er forståeligt? --CarinaT 24. sep 2008, 17:13 (CEST)
Det er helt ok.
Det er måske lidt for udpenslet. Et let nedbarberet forslag:
Enzymers størrelse angives oftest i antal aminosyrerester, eftersom forskellig form og foldning gør en beskrivelse i rumfangs- eller længdeenheder besværlig, men der findes dog nogle tilnærmende metoder (der blandt andet inkluderer at antage at proteinet er kugleformet), hvilket betyder at et enzym omtrent fylder mellem 8.500 og 345.000 Å3.
Hvor præcist er det med de der 138 Å pr. aminosyrerest? er 8.556 en nedre grænse, på samme måde som jeg har opfattet 62 aminosyrerester som en nedre grænse? For hvis det er det selvfølgelig 8.556 der skal stå. --Santac 24. sep 2008, 17:50 (CEST)
Jeg har nu ændret det helt igen. Jeg synes det er bedre at lægge vægt på de 138 Å3 (selvom det er ret tilnærmet og kun fungerer hvis sammensætningen ikke er meget ujævn - men faktisk fungerer ret godt alligevel) og så gemme de udregnede tal i en ref, for det er altså meget tilnærmet. Jeg opfatter også s62 og 2.500 som grænseværdier, men det er jo kun lige indtil man finder nogle mindre og større, så jeg er faktisk lidt imod dem og vil helst ikke fremhæve dem yderligere. Jeg tror min nye løsning fungerer fint. Håber du er enig. --CarinaT 26. sep 2008, 08:33 (CEST)
Jeg synes det er en rigtig god løsning der er fundet. --Santac 26. sep 2008, 08:38 (CEST)

  • Mht specifitet: Er enzymer nogen gange ikke-specifikke? I teksten står halvvejs at der findes særtilfælde hvor et enzym ikke er specifikt. Citat: "Enzymer er normalt meget specifikke, hvad angår, hvilke reaktioner de katalyserer og hvilket substrat, der er involveret i disse reaktioner." --Santac 5. aug 2008, 17:01 (CEST)
    • Specificitet er lidt relativt og deraf den formulering. Alle enzymer er meget specifikke, men nogle er en lille smule mindre specifikke end andre. For eksempel kan nogle enzymer hydrolysere flere forskellige hexoser (som fx glukose), mens andre måske kun kan hydrolysere glukose og ingen andre hexoser. Så selvom et enzym har mere end ét substrat, har det stadig en meget lille gruppe af substrater, så på den måde er alle meget specifikke. Lidt længere nede er også beskrevet "brogede" enzymer (meget kort), som så er dem der har en lidt større gruppe substrater (også lidt større end mit forrige eksempel). Jeg ved derfor ikke lige hvordan sætningen skal ændres, hvis den skal ændres. --CarinaT 5. aug 2008, 22:36 (CEST)
      • Her er et forslag til et nyt afsnit om specificitet.
Enzymer er generelt meget specifikke, hvad angår, hvilke reaktioner de katalyserer og hvilket substrat, der er involveret i disse reaktioner. Komplementær form, ladning og hydrofil/hydrofob karakter af enzymer og substrater er ansvarlig for denne specificitet. Enzymer kan også udvise et imponerende niveau af stereospecificitet, regioselektivitet og kemoselektivitet.[1] Nogle særlige enzymer kan reagere med mere end et ekstrat og nogle få enzymer, kaldet "brogede enzymer" kan reagere med en relativ bred række substrater. Det er blevet foreslået, at brogede enzymers lidt bredere substratspecificitet er vigtig for evolutionen af nye biosyntetiske veje.[2]
Nogle af de enzymer, der udviser den største specificitet og nøjagtighed, er involveret i kopiering og udtrykning af genomet. Disse enzymer har "proof-reading"-mekanismer (korrektur). Her katalyserer et enzym såsom DNA-polymerase i det første trin en reaktion for derefter at tjekke om produktet er korrekt i et andet trin.[3] Denne totrinsproces resulterer i en gennemsnitlig fejlrate på mindre end 1 fejl per 100 millioner reaktioner i de ekstremt nøjagtige pattedyrspolymeraser.[4] Lignende proof-readingsmekanismer findes også i RNA-polymeraser,[5] aminoacyl-tRNA-synthetaser[6] og ribosomer.[7] --Santac 6. aug 2008, 10:37 (CEST)
        • Jeg har nu sat dit afsnit ind. Synes det fungerer fint. --CarinaT 6. aug 2008, 18:02 (CEST)
          • enig. --Santac 5. sep 2008, 09:53 (CEST)
  • Giver det ikke sig selv at interaktionerne mellem substratet og enzymet er i takt med at substratet interagerer med enzymet? Citat: "I 1958 foreslog Daniel Koshland en modifikation til "lås og nøgle"-modellen: eftersom enzymer er rimelig fleksible strukturer, forandres det aktive site til stadighed, grundet interaktioner med substratet, i takt med, at substratet interagerer med enzymet." Sådan at sætninger i stedet skulle lyde noget i stil med: "I 1958 foreslog Daniel Koshland en modifikation til "lås og nøgle"-modellen: eftersom enzymer er rimelig fleksible strukturer, forandres det aktive site til stadighed grundet interaktioner med substratet." --Santac 5. aug 2008, 17:01 (CEST)
    • Jeg har lavet en lidt tredje formulering, som jeg selv synes fungerer bedre (for jeg syntes også det gav sig selv, men var ikke sikker på det var tilfældet for andre - godt at få det bekræftet), synes du også? --CarinaT 5. aug 2008, 22:36 (CEST)
      • God sætning. --Santac 6. aug 2008, 10:37 (CEST)
  • Er der kun én orientering eller er der flere mulige orienteringer substraterne kan have når de reagerer? Ordet korrekt antyder for mig at der kun er én, mens det ubestemte "en" viser at der er flere muligheder. Hvis der er flere muligheder vil jeg foretrække ordet "passende" i stedet for "korrekt" og hvis der kun er en mulig orientering, at der står "den korrekte" i stedet for "en korrekt". Citat: "Reducere reaktionsentropiændringen ved at bringe substraterne sammen i en korrekt orientering til at reagere." (en:wiki: "Reducing the reaction entropy change by bringing substrates together in the correct orientation to react.") --Santac 5. aug 2008, 17:01 (CEST)
    • Der er kun én orientering, og jeg har nu rettet "en" til "den"- --CarinaT 5. aug 2008, 22:36 (CEST)
      • Godt. --Santac 5. sep 2008, 09:53 (CEST)
  1. ^ Jaeger KE, Eggert T. (2004). "Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution.". Curr Opin Biotechnol. 15(4): 305-313. PMID 15358000. doi:10.1016/j.copbio.2004.06.007. 
  2. ^ Firn, Richard. "The Screening Hypothesis - a new explanation of secondary product diversity and function". Hentet 2006-10-11. 
  3. ^ Shevelev IV, Hubscher U. (2002). "The 3' 5' exonucleases.". Nat Rev Mol Cell Biol. 3 (5): 364-376. PMID 11988770. doi:10.1038/nrm804. 
  4. ^ Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
  5. ^ Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K. (2006). "Transcript-assisted transcriptional proofreading.". Science. 313: 518-520. PMID 16873663. doi:10.1126/science.1127422. 
  6. ^ Ibba M, Soll D. (2000). "Aminoacyl-tRNA synthesis.". Annu Rev Biochem. 69: 617-650. PMID 10966471. doi:10.1146/annurev.biochem.69.1.617. 
  7. ^ Rodnina MV, Wintermeyer W. (2001). "Fidelity of aminoacyl-tRNA selection on the ribosome: kinetic and structural mechanisms.". Annu Rev Biochem. 70: 415-435. PMID 11395413. doi:10.1146/annurev.biochem.70.1.415.