Han er den spiller, der har spillet flest hele kampe for F.C. København.[1]
Zanka spiller desuden på det danske landshold og var blandt andet med til slutrunden om VM 2018, hvor han scorede det hidtil hurtigste slutrundemål efter blot 57 sekunder i ottendedelsfinalen mod Kroatien.
Zanka kom til FCK fra naboklubben B.93, hvor han fik sin debut allerede som 16-årig på B.93s førstehold. Den 26. februar 2007 underskrev han en treårig kontrakt med FC København. Zankas SAS-ligadebut var i kampen mod Lyngby den 29. september 2007 – en kamp som FCK vandt 2-0.[2] Han afslog et tilbud fra Arsenal, inden han skiftede til FCK.[3] Han har været på prøvetræning i Arsenal[4] og Newcastle United.[5] Mathias "Zanka" Jørgensen blev i sommeren 2009 student fra Gammel Hellerup Gymnasium nord for København.[6] Han blev den 17. november ved TV2's årlige Award Show kåret til Årets talent.[7][8]
Han blev solgt til den hollandske klub PSV Eindhoven i 2012,[9] men blev hurtigt skadet og opnåede ikke succes under sit ophold.[10] I sommeren 2014 skrev han en treårig kontrakt med FCK,[11] der senere blev forlænget [12].
Han blev efter afslutningen af sæsonen 2016-17 af FCK's fans kåret til "Årets spiller".[13]
I Zankas anden sæson i Huddersfield formåede holdet ikke at forblive i Premier League, og han var derfor interesseret i at finde en ny arbejdsgiver. I august 2019 skiftede han til tyrkiske Fenerbahçe SK, hvor han fik en treårig kontrakt med mulighed for yderligere et år.[15]
På sidste dag i transfervinduet i januar 2020 blev han udlejet for resten af sæsonen til Fortuna Düsseldorf i den tyske Bundesliga.[16]
Mathias Zanka blev i 2008 udtaget til A-landsholdet som erstatning for den skadede Anders Møller Christensen.[17] Mathias Zanka Jørgensen debuterede for det danske A-landshold den 19. november2008 i en venskabskamp mod Wales.[18][19] Den 1. juli 2018 scorede Jørgensen sit første mål for landsholdet, som også var Danmarks hurtigste mål ved et VM nogensinde, da han allerede efter 57 sekunder bragte Danmark foran 1-0 i ottendedelsfinalen mod Kroatien.[20]
Zanka var med i truppen til EM-slutrunden 2020 (afholdt i 2021),[21] men opnåede ikke spilletid.
Februar 2017 accepterede Spillerforeningen et forligsforslag fra Dansk Boldspil-Union (DBU) omkring manglende betaling til spillerne for gamle sponsoraftaler. Pengene i forliget, 667.500 kroner, bliver brugt i en kampagne fra Spillerforeningen mod homofobi, med Mathias "Zanka" Jørgensen som ambassadør. I november 2016 havde han i pressen givet udtryk for utilfredshed med bl.a. DBUs manglende reaktion på homofobiske tilråb, og var blevet bakket op på de sociale medier af bl.a. ligestillingsminister Ellen Trane Nørby.[22]