Området ved Eisleben har været beboet siden flere årtusinder af vekslende kulturer. Fra den tidlige historie er der kun overleveret arkæologiske fund. 1,5 km nordvest for byen er der fundet grave fra bronzealderen til den tidlige jernalder.
Eisleben er omtalt som markedsplads i 994 og fik sine by-rettigheder i 1180.