Enemark begyndte sin karriere som ansat på Statsbiblioteket, men blev 1. august1967 ansat som amanuensis ved Historisk Institut ved Aarhus Universitet. 1972 blev han lektor samme sted og virkede som sådan frem til 1993, hvor han fratrådte (1996-1997 var han dog ekstern lektor ved instituttet). I 1971 blev han dr.phil. med disputatsenStudier i toldregnskabsmateriale i begyndelsen af 16. århundrede, hvor han demonstrerede stor indsigt i det anvendte materiale og sikkert greb om kildekritikken. Emnet blev fulgt til dørs i 2003 med værket Dansk oksehandel 1450-1550, hvor den nu 80-årige historiker gav emnet en grundig behandling, der strakte sig over næsten 1000 sider.
"Adelig studehandel i 16. århundrede. Kommentar til en rettertingsdom af 1557" i Erhvervshistorisk Årbog VI (1954), s. 7-34
Studier i toldregnskabsmateriale i begyndelsen af 16. århundrede. Med særligt henblik på dansk okseeksport, bind I-II, Århus 1971 (disputats) ISBN87-7423-020-4 og ISBN87-7423-022-0
Fra Kalmarbrev til Stockholms blodbad. Den nordiske trestatsunions epoke 1397-1521, København 1979 ISBN87-01-80611-4
Kriseår 1448-1451. En epoke i nordisk unionshistorie, Akademisk Forlag, København 1981 ISBN87-500-2035-8
Dansk oksehandel 1450-1550. Fra efterårsmarkeder til forårsdrivning, bind 1-2, Aarhus Universitetsforlag, Århus 2003 ISBN87-7288-880-6
Svend E. Green-Pedersen, Jens Villiam Jensen og Knud Prange (red.): Profiler i Nordisk Senmiddelalder og Renaissance. Festskrift til Poul Enemark. På tresårsdagen 13. april 1983, Arusia: Århus 1983 ISBN87-88032-02-7