Ruslands Superliga 1998-99 var den tredje sæson af Ruslands Superliga i ishockey, der var Ruslands bedste ishockeyrække. Turneringen havde deltagelse af 22 hold, der først spillede et grundspil, hvorfra 16 hold gik videre til slutspillet.
Grundspillet blev afviklet i perioden 12. september1998 - 8. marts1999. De 22 hold spillede en dobbeltturnering alle-mod-alle, og de 16 bedste hold gik videre til slutspillet. De sidste 6 hold gik videre til op- og nedrykningsspillet mellem Superliga og Højeste Liga sammen med 6 hold fra Højeste Liga.
Slutspillet havde deltagelse af de 16 bedste hold fra grundspillet, og holdene blev seedet i henhold til deres placering i finalepuljen. De 16 hold spillede en cupturning, hvor alle opgør blev afgjort bedst af fem kampe, bortset fra finalen og kampen om tredjepladsen, der blev afgjort bedst af syv kampe.
Kampen om 3.-pladsen havde deltagelse af de to tabende semifinalister, og opgøret blev spillet bedst af syv kampe. Ak Bars Kazan nægtede at annullere kampen om tredjepladsen, som forbundet ellers havde foreslået (med begge hold som bronzemedaljevindere), for at have klubbernes spillere til rådighed for landsholdets træningslejr.
Op- og nedrykningsspillet mellem Superliga og Højeste Liga havde deltagelse af 12 hold:
De 6 dårligste hold fra Superliga.
De 6 bedste hold fra Højeste Liga.
De 12 hold spillede en dobbeltturnering alle-mod-alle om fire pladser i Superliga 1999-2000, eftersom ligaen blev indskrænket fra 22 til 20 hold. Resten af holdene måtte tage til takke med at spille i Højeste Liga den efterfølgende sæson.