Klubben blev grundlagt under navnet Hannoverscher FC 1896 i 1896. Fra starten var de væsentligste aktiviteter atletik og rugby, men allerede et par år senere var interessen for fodbolden steget så meget, at det blev hovedaktiviteten. I 1913 blev klubben slået sammen med en anden under det nuværende navn.
I 1930'erne blev klubben en overgang en af landets topklubber og vandt sit første tyske mesterskab i 1938 efter at have slået storfavoritten Schalke 04. Efter 2. verdenskrig havde de igen en stjernestund, da de vandt mesterskabet i 1954, men ved starten af Bundesligaen i 1963 var Hannover 96 ikke blandt de udvalgte klubber. Allerede året efter rykkede de dog op og forblev i bedste række til 1974, hvor de dog mest var placeret i nederste halvdel. Efter et par år, hvor det gik op og ned, endte de dog i 2. Bundesligaen næsten konstant i omkring tyve år.
I denne periode fik klubben et par gange alvorlige økonomiske problemer, men efter at have vundet den tyske pokalturnering i 1992 efter at have slået fem Bundesligaklubber, rettede økonomien sig. I 1996 rykkede Hannover ned i tredjebedste række, hvor de blev i to år, men i 2002 rykkede de op i Bundesligaen, hvor de har været siden.
Sæson 2023–24
/
Gerald Asamoah (1994-1999) – 40 landskampe for Tyskland
/
Thomas Christiansen (2003- ) – 2 landskampe for Spanien
