Holdet blev oprindelig etableret som kvindernes afdeling af Odense Boldklub. De rykkede op i topligaen i dansk kvindefodbold for første gang i 1989. Efter at holdet havde tabt finalen i DBUs Landspokalturnering i 1995 til Fortuna Hjørring, fik holdet oprejsning i 1998 ved at slå Fortuna i finalen og derved vinde deres første landspokalturnering. Odense BK vandt også pokalfinalen i 1999 og 2003, og danmarksmestertitlen i 2000 og 2001.[1]