Protein

Fra Wikipedia, den frie encyklopædi
Gå til: navigation, søg
Skematisk fremstilling af et proteins struktur.
Rumlig illustration af RuBisCO

Proteiner er store molekyler (makromolekyler) der er essentielle komponenter af alle levende organismer. De deltager i alle cellulære processer og fungerer som biologiske byggesten og som enzymer (katalysatorer) for de kemiske reaktioner der foregår i alle levende organismer. Andre eksempler på proteiner er antistoffer (immunoglobuliner), (nogle) hormoner, transportmolekyler, celleadhæsionsmolekyler og lectiner. Proteiner udgør en fundamental del af de levende organismer, og hvis et protein af den ene eller den anden grund er "beskadiget" som efter en mutation eller slet ikke dannes, går det ud over den enkelte organismes funktion.

Proteiner er også energigivende næringsstoffer og den fysiologiske brændværdi er 17kJ/g. Det kemiske energiindhold i proteiner er generelt større og afhænger af det specifikke protein. Det mest udbredte protein på Jorden antages at være RuBisCO, det første enzym i fotosyntesen.

For udforskningen af proteiners opbygning modtog den amerikanske kemiker Linus Pauling Nobelprisen i kemi i 1954.

Proteiners opbygning[redigér | redigér wikikode]

Proteiner består af polypeptidkæder (poly betyder mange), der er opbygget af aminosyrer som er kovalent sammenbundet via peptidbindinger. En polypeptidkæde er altså en kæde, der består af mange peptidbindinger. Korte kæder benævnes ofte oligopeptid eller blot peptid. Der er ikke defineret nogen grænse for, hvor lang en kæde skal være, for at kunne kaldes et protein.

Proteiner er opbygget fra et repertoire på 20 forskellige aminosyrer, der kaldes de proteinogene aminosyrer. Normalt ses kun 20 af dem, og det er kun disse 20 der indgår i en ny syntetiseret peptidkæde; de sidste 2 (hydroxyprolin og selenocystein) dannes ved post- eller kotranslationel modifikation.

Den primære struktur[redigér | redigér wikikode]

Proteiners opbygning beskrives på fire niveauer. Det laveste niveau kaldes den primære struktur eller den kovalente struktur. Disse to begreber er ikke helt identiske. Den primære struktur beskriver aminosyrernes rækkefølge. Denne er unik for et bestemt protein og er bestemt af generne. Den primære struktur kaldes også for den kovalente struktur, i hvilket tilfælde beskrivelsen også omfatter disulfidbroer.

Den sekundære struktur[redigér | redigér wikikode]

Proteinet fibrillarin indeholder både helixer (røde cylindre) og strenge (blå pile).

Den sekundære struktur er mønstre som polypeptidkæden kan være foldet i. Disse kaldes for strukturelementer, og inkluderer α-helix og β-strenge, som holdes sammen af hydrogenbindinger eller af β-turns. En del af en polypeptidkæde som ikke er foldet kaldes for tilfældig kæde eller random coil.

Det er aminosyrerne som bestemmer hvilke sekundære strukturelementer der er til stede, eller ikke til stede, i et protein. Nogle aminosyrer har stor tilbøjelighed til at fremme dannelsen af helixer, andre fremmer dannelsen af strenge og andre igen foretrækker en tilfældig kæde. Men de fleste af aminosyrerne kan tvinges til at antage en ufavorabel struktur, hvis de sidder i mellem andre aminosyrer som foretrækker lige netop denne.

Nogle proteiner indeholder næsten kun en slags strukturelement, mens andre består af en blanding af forskellige slags.

Den tertiære struktur[redigér | redigér wikikode]

Den tertiære struktur er den måde de enkelte sekundære strukturelementer ligger i forhold til hinanden. F.eks. er en polypeptidkæde der består af 5 helixer sjældent blot 5 helixer som flyder rundt i mellem hinanden. I stedet pakkes de ofte sammen for at holde fast på en ligand, eller for at forhindre vand eller salt at trænge ind. De sekundære strukturelementer holdes i sådanne tilfælde sammen af hydrogenbindinger, ionbindinger, svovlbroer eller hydrofobe interaktioner.

Den kvarternære struktur[redigér | redigér wikikode]

Et eksempel på et protein som har fire subunits. De er tegnet i hver sin farve.

Et proteins kvarternære struktur er når flere polypeptidkæder sættes sammen til et stort protein. De enkelte polypeptider kaldes så for subunits eller underenheder.

Posttranslationale modifikationer[redigér | redigér wikikode]

Mange proteiner modificeres med andre funktionelle grupper eller ændres strukturelt som for eksempel glycoproteiner. Et eksempel på en meget almindelig modifikation er etableringen af en disulfidbro mellem to cysteiner. Andre eksempler på modifikationer er: acylering, acetylering, metylering, amidering, biotinylering, formylering, gamma-carboxylering, glutamylering, glucosylering, glycinylering, hydroxylering, iodinering, isoprenylering, myristinoylering, farnesylering, geranylgeranylering, oxidering, palmitinoylering, phosphorylering, polysialylering og sulfatering. Desuden kovalent addering af hæm, GPI-anker, nucleotider, flavin, phosphatidylinositol, og andre proteiner/oligopeptider.

Typer af proteiner[redigér | redigér wikikode]

Proteiner inddeles overordnet i to hovedklasser:

De to typer af proteiner har forskellige egenskaber pga. de meget forskellige miljøer de befinder sig i.

Vandopløselige proteiner[redigér | redigér wikikode]

Vandopløselige proteiner findes overalt i celler og i den extracellulære væske. For at være opløselige i vand, som er et polært solvent, har denne type proteiner ofte mange ladede aminosyrer og uladede aminosyrer med hydrofile sidekæder, der sidder så de vender ud imod solventet (vand).

Hydrofobe aminosyrer er ofte 'gemt væk' inde i proteinets rumlige struktur, således at de vender væk fra vandet. Det er energetisk ufavorabelt at tvinge hydrofobe aminosyrer ud i et polært solvent, de foretrækker at interagere med andre hydrofobe aminosyrer. Disse hydrofobe interaktioner er medvirkende til at stabilisere proteiners rumlige struktur.

Membranproteiner[redigér | redigér wikikode]

Perifere membranproteiners interaktion med membranen. A+B. Forskellige typer af hydrofobe interaktioner, C. Forankring via fedtsyrekæde, D. Elektrostatisk interaktion.

Der er to slags membranproteiner, de perifere membranproteiner og de integrerede membranproteiner. Perifere membranproteiner findes i tæt kontakt med membranen, og er ofte bundet til denne via f.eks. hydrofobe eller elektrostatiske interaktioner. Andre er forankret i lipiddobbeltlaget v.hj.a f.eks. en kovalent bundet fedtsyre. Mange perifere membranproteiner kan løsnes fra membranen ved at ændre på f.eks. pH, temperatur eller saltkoncentration.

De integrerede membranproteiner sidder inde i membranens lipiddobbeltlag, nogle er næsten helt gemt i dobbeltlaget, mens andre stikker ud af membranen på den ene eller begge sider.

Integrerede membranproteiner. A. Transmembran alfa-helixer, B. Beta-tønde.

Lipiddobbeltlaget kan betragtes som solvent for de integrerede membranproteiner. Dobbeltlagets centrale del, som består af fedtsyrekæder, er apolært og hydrofobt. Det betyder at den del af membranproteiner der sidder inde i membranen, i modsætning til vandopløselige proteiner, har hydrofobe aminosyrer på overfladen. Proteiner der fungerer som vand- eller ionkanaler har typisk hydrofile aminosyrer vendende ind mod kanalens centrum.

Nedbrydning af proteiner i kroppen[redigér | redigér wikikode]

Proteiner som vi indtager med føden bruges ikke i kroppen i de respektive strukturer de har, når de indtages. Som tidligere nævnt er proteiner opbygget af aminosyrer, som skal ses som en slags byggeklodser. Når proteiner indtages, nedbrydes de således til enkelte aminosyrer, dog findes der stadig enkelte dipeptider og tripeptider (henholdsvis 2 og 3 aminosyrer sat sammen). Nedbrydningen begynder i mavesækken, hvor det proteolytiske enzym pepsin kløver proteinerne i mindre stykker. De mindre stykker bliver videre nedbrudt i tolvfingertarmen af flere forskellige proteolytiske enzymer, de vigtigste er trypsin og chymotrypsin, ned til korte aminosyrekæder, kaldet peptider. Den sidste kløvning sker af proteolytiske børstensømenzymer, hvoraf det vigtiste er enterokinase og herefter er kun få di- og tripeptider at finde. Resten er omdannet til enkelte aminosyrer. Nu transporteres aminosyrerne, samt di- og tripeptiderne ind i tarmepithelcellerne vha. transportører, igennem disse celler og optages via cellens basolaterale membran i blodkarrene. Fra blodkarrene transporteres de rundt til alle kroppens celler, hvori de fungerer som byggeklodser for syntese af nye proteiner. Syntesen på celleniveau foregår hovedsageligt i det Endoplasmatiske Reticulum

Proteiner som molekylære byggesten[redigér | redigér wikikode]

Cellens byggesten er bl.a. de strukturelle proteiner, der fungerer som "mursten": kollagen og keratin i f.eks. insekters exo-skelet, hud, hår, uld, næb, hove, klove, kløer, horn og negle. Muskelfibre er bygget op blandt andet af strukturelle proteiner.

Proteiner som enzymer, biologiske katalysatorer[redigér | redigér wikikode]

Uddybende hovedartikel: Enzym

Proteiner, der virker som katalysatorer, kaldes enzymer. De er vigtige, da mængden af de enkelte enzymer styrer, hvor hurtigt de forskellige biokemiske reaktioner forløber. Dermed styrer de f.eks. den enkelte celles stofskifte. Enzymers navn ender ofte på -ase, og fortæller om deres virkning. F.eks. virker enzymet alkohol dehydrogenase formelt ved at fjerne hydrogen fra alkohol, og omdanne det til acetaldehyd. Der er dog undtagelser, som f.eks. fordøjelsesenzymet trypsin. Proteiner udgør en fundamental del af de levende celler, og hvis et protein af den ene eller den anden grund er "beskadiget" som efter en mutation eller slet ikke dannes, går det ud over den enkelte celles funktion.

Proteiner som ligand-bindende molekyler[redigér | redigér wikikode]

Proteiners meget specifikke binding af ligander danner også basis for mange andre funktioner. Som eksempler kan nævnes antistoffer (immunoglobuliner), hormoner, transportmolekyler, enzymhæmmere, adhæsionsmolekyler, receptorer og lectiner.

Se også[redigér | redigér wikikode]

Kilder/henvisninger[redigér | redigér wikikode]

Commons-logo.svg
Wikimedia Commons har medier relateret til: