Klapholt er beliggende ved overgangen fra det bakkede Angel i øst til det mere flade gestlandskab i vest. Landsbyen er flankeret af den cirka 79 ha store Elmskov i vest og den cirka 123 ha store Okselbæk Skov i øst mod Ølsby. Kommunen omfatter ved siden af Klaptholt bebyggelserne Elmskov (Elmholz), Fenn[2], Glasholt (Glasholz), Lamskær (Lammerskjer), Nybro (Neubrück), Nørreskov (Norderholz), Smøl (Schmöhl) og Vesterskel (Westscheide).
Klapholt er første gang nævnt 1352 som Klappholt. Stednavnet er sammensat af klappe (≈slå, sml. oldnordiskklappa) og holt (≈skov) [3]. Elmskov el. Elmholt henviser til elmetræer[4].