I slutningen af 1550'erne havde Reformationen og Modreformationen forårsaget interne konflikter i den Livlandske konføderation, mens dets nabo i øst, Rusland, var styrket efter at have besejret khanaterne, Kazan og Astrakhan. Konflikten mellem Rusland og de andre lande blev forstærket af Ruslands isolation i søhandelen. Zaren kunne heller ikke leje kvalificeret arbejdskraft fra Europa.
I 1547 ansatte Hans Schlitte, agent for zarenIvan den Grusomme, håndværkere i Tyskland til at arbejde i Rusland. Alle disse håndværkere blev imidlertid arresteret i Lübeck efter ønske fra Livland.[1]Hanseforbundet ignorerede den nye havn, som zar Ivan havde ladet bygge på østbredden af floden Narva i 1550, og leverede fortsat varerne til havne, som var under Livland.[2]
Zar Ivan forlangte, at det livlandske konføderation skulle betale 40.000 taler for Tartu bispedømme, baseret på et krav om, at territoriet en gang havde hørt under den russiske republik Novgorod. Disputten endte med en russisk invasion i 1558. Russiske tropper okkuperede Dorpat (Tartu) og Narwa (Narva) og belejrede Reval (Tallinn). Målet for Ivan var at skaffe sig den vigtige adgang til Østersøen.
Erik 14. af Sverige og Frederik 2. sendte tropper for at beskytte deres nyvundne territorier. I 1561 overgav byrådet i Reval sig til Sverige, og byen blev udgangspunkt for videre svenske erobringer i området. I 1562 lå Rusland i krig med Litauen og Sverige. I begyndelsen vandt zarens armeer flere sejre og tog Polotsk i 1563, Pernau (Pärnu) i 1575 og overvandt dele af Litauen frem til Vilnius. Det førte til, at han afslog fredsforslag fra sine fjender.
Men inden 1579 befandt Ivan sig i en vanskelig situation. Krimtatarer hærgede russiske territorier og nedbrændte Moskva, tørke og epidemier havde alvorligt svækket økonomien og opritšnina havde totalt forstyrret rigets indre stabilitet, mens Litauen var gået i union med Polen (ny union i 1569) og skaffet sig en energisk leder, kong Stefan Báthory. Ikke bare vandt Batory Polotsk tilbage i 1579, han indtog tillige russiske fæstninger i Sokol, Velizj, Usvzat, Velikije Luki (1580) og belejrede Pskov (1581–1582). Polsk-Litauisk kavaleri knuste de enorme regioner Smolensk, Tsjernigov og Rjazan sydvest for det novgorodske territorium[3] og nåede endog en af zarens residenser og tvang Ivan selv til at flygte i panik. I 1581 tog en hær af svenske lejesoldater ledet af Pontus de la Gardie den strategiske by Narva.
Rheinhold Heidenstein: The Notes about the Moscow war (1578–1582) (Sankt Petersborg 1889)
N. M. Karamzin: "The History of Russia", vol. VIII (Documents from the Archive of Koenigsberg)
Knud Rasmussen: Die livländische Krise 1554—1561. Københavns Universitets Slaviske Institut. Studier 1. (Akademisk Forlag, Universitetsforlaget i København 1973)
The Full Collection of Russian Annals, vol. 13, (Sankt Petersborg 1904)