Mesterskabsserien 1938-39 var den 26. sæson om Danmarksmesterskabet i fodbold for herrer organiseret af DBU. Mesterskabet blev vundet af B 93.[2][3] Det var B 93s syvende danske mesterskab, og dermed tangerede B 93 rekorden for flest danske mesterskaber sammen med KB. Det var samtidig klubbens femte mesterskab i løbet af de seneste 11 sæsoner.
B 93 blev mestre med tre runder igen den 23. april 1939 efter at have besejret Fremad Amager på udebane med 8-2.
Erik Petersen, B 93, blev turneringens topscorer med 27 mål.[4] En rekord, som først blev overgået af Hans Aabech i 1973.